Эволюционное развитие ганоидной чешуи, как я уже отметил выше, шло по пути ее облегчения и утоньшения. Исследования ископаемых рыб показывают, что чешуйный покров наиболее древних Лучеперых (Actinopterygii) состоял из ганоидной чешуи палеонискоидного типа, которая постепенно заменялась полиптероидной чешуей, а затем и лепизостеоидной. Последняя, как считается, произошла от предковой полиптероидной чешуи, когда утратила два одонтодных слоя (дентин и эласмодин). Это, однако, не согласуется с описанными выше различиями в развитии двух подтипов чешуй - такие, если имеются, обычно, наоборот, говорят о независимости происхождения тех или иных органов или структур. Кроме того, сомнений добавляет и тот факт, что в палеонтологической летописи два этих подтипа ганоидной чешуи появились практически одновременно – по крайней мере, около 100-80 млн. лет назад.