Одно из возможных объяснений этого парадокса заключается в том, что пресные водоемы не только гораздо более разнообразны по своим характеристикам (температура, скорость течения, мутность, химические параметры воды и т.п.), но и хорошо обособлены друг от друга. Последнее особенно важно, ведь согласно теории видообразования вновь появившиеся под влиянием уникальных условий среды обитания признаки могут закрепиться лишь в случае изоляции. Именно это - изоляция в совокупности с разнообразием внешних факторов - формирует предпосылки для появления новых видов. В морях же четкие физические границы практически отсутствуют, поэтому и условия обитания здесь чаще всего сглажены, а настоящая изоляция возникает редко.